Управление Учреждением осуществляется в соответствии с нормативными правовыми актами Российской Федерации, Ненецкого автономного округа, Уставом ГБОУ НАО «НСШ им. А.П. Пырерки» и осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Коллегиальными органами Учреждения являются Общее собрание (конференция) работников Учреждения, Совет трудового коллектива, Педагогический совет.